短程蒸馏器适合于进行分子蒸馏，分子流直接从加热表面到冷凝器的表面并非简单的一个步骤。液相扩散速率是控制分子蒸馏速度的主要因素，因此应减小液体层的厚度，加强液体层的流动。
其蒸发速率随温度的升高而升高，但分离系数有时随温度的升高而减少。因此，应根据加工材料的热稳定性选择经济合理的蒸馏温度。蒸汽分子在向冷凝表面蒸发的过程中可能相互碰撞，并可能与留在两侧的空气分子发生碰撞。
由于蒸发分子比空气分子重得多，并且它们大部分具有相同的运动方向，它们自身的碰撞对飞行方向和蒸发速率没有影响。残余分子在两侧都处于混沌运动状态，因此残余分子的数量是影响蒸发方向和速度的主要因素。
只要冷热两侧有温差，冷凝表面是合理的，光滑的，可以认为冷凝步骤可以很快完成，因此选择合理的形式是很重要的。它在沸腾的薄膜和冷凝面之间的压差是蒸汽流向的驱动力，在进行使用时对微小的压力将引起蒸汽的流动。
在进行蒸馏的过程中，其物料是从蒸发器的顶部加入的，在进行使用时会有经过其转子上的料液分布器将其连续均匀的分布在加热面上，随即刮膜器将料液刮成一层薄、呈湍流状的液膜。
并以螺旋状向下推进，从加热面上逸出的轻分子，经过短的路线和未经碰撞到内置冷凝器上冷凝成液，并沿冷凝器管流下，通过位于蒸发器底部的出料管排出；残液即重分子在加热区下的圆形通道中收集，再通过侧面的出料管中流出。
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